Sekolah Pascasarjana Universitas Negeri Surabaya (Unesa) memiliki sejarah panjang yang dimulai pada tahun akademik 1981/1982, ketika Program Studi S2 Pendidikan Matematika pertama kali dibuka. Program ini awalnya berstatus sebagai Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK) yang berada di bawah Fakultas Pascasarjana (FPs) IKIP Malang. Sejak awal, Program Studi S2 Pendidikan Matematika mendapat dukungan dari beberapa institusi ternama seperti The University of Western Australia (UWA), Western Australian Institute of Technology (WAIT) yang kini dikenal sebagai Curtin University, serta Fakultas Pascasarjana Institut Teknologi Bandung (ITB). Dalam penyelenggaraannya, mahasiswa angkatan pertama mengikuti perkuliahan di ITB selama dua semester untuk memperdalam matematika murni, sebelum melanjutkan tiga semester berikutnya di IKIP Surabaya guna mempelajari Pendidikan Matematika.

Pada tahun akademik 1985/1986, seiring dengan keberhasilan Program S2 Pendidikan Matematika, dibuka pula Program Magister Pendidikan Kimia. Program ini berjalan dengan pola yang sama dan didukung oleh ITB. Dengan demikian, pada tahun tersebut, IKIP Surabaya telah memiliki dua program studi pascasarjana yang masih secara administratif berada di bawah Fakultas Pascasarjana IKIP Malang. Namun, kebijakan nasional pada tahun akademik 1986/1987 menyebabkan terhentinya kedua program studi tersebut, seiring dengan dihentikannya seluruh program S2 Pendidikan MIPA di IKIP.

Setelah mengalami periode vakum, Program Pascasarjana Pendidikan Matematika kembali dibuka pada tahun akademik 1989/1990 berkat upaya yang gigih dari pihak IKIP Surabaya. Keberlanjutan program ini didukung oleh pemahaman yang lebih mendalam dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Dikti) tentang perbedaan antara keahlian matematika murni dan pendidikan matematika. Meskipun kedua bidang ini memiliki fokus yang berbeda, keduanya diakui sebagai komponen penting yang saling mendukung untuk kemajuan pendidikan nasional. Pada saat itu, perkuliahan masih berjalan dengan sistem dua semester di ITB dan tiga semester di IKIP Surabaya, sementara IKIP Surabaya secara bertahap memperkuat kapasitas tenaga pengajarnya melalui program pencangkokan dosen di ITB.

Pada akhir tahun 1992, setelah evaluasi menyeluruh yang dilakukan oleh Fakultas Pascasarjana ITB, IKIP Surabaya dinyatakan telah siap menyelenggarakan Program S2 Pendidikan Matematika secara mandiri. Hal ini ditegaskan dengan dikeluarkannya SK Dirjen Dikti No. 516/DIKTI/1992 yang menetapkan bahwa Program Pascasarjana Pendidikan Matematika di IKIP Surabaya berdiri sendiri dan terlepas dari Fakultas Pascasarjana IKIP Malang. Mulai dari angkatan tahun 1992/1993, seluruh perkuliahan dilaksanakan sepenuhnya di IKIP Surabaya, yang kini telah bertransformasi menjadi Universitas Negeri Surabaya (Unesa).

Sejak saat itu, Sekolah Pascasarjana Unesa terus berkembang pesat. Hingga tahun 2023, Pascasarjana Unesa telah mengelola 33 program studi pada jenjang Magister dan Doktor. Namun, pada tahun yang sama, restrukturisasi besar-besaran di Unesa mengakibatkan pengelolaan program studi pascasarjana linear dialihkan ke fakultas masing-masing. Sementara itu, program studi multidisiplin berada di bawah pengelolaan Sekolah Pascasarjana, dengan tujuan memperkuat pengembangan keilmuan yang lebih lintas disiplin dan relevan dengan kebutuhan masyarakat yang semakin kompleks.

Saat ini, Sekolah Pascasarjana Unesa mengelola tiga program studi, yakni S2 Pendidikan Teknologi dan Kejuruan, S3 Pendidikan Vokasi, dan S3 Penelitian dan Evaluasi Pendidikan. Ketiga program ini merupakan bagian dari komitmen Pascasarjana Unesa dalam menjawab tantangan pendidikan yang semakin dinamis dan beragam. Dengan total 51 program studi pascasarjana yang dikelola oleh fakultas dan Sekolah Pascasarjana, Unesa terus berupaya menciptakan lingkungan akademik yang kondusif untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan inovasi. Pascasarjana Unesa juga berkomitmen untuk terus memberikan kontribusi positif bagi kemajuan pendidikan di Indonesia, dengan tetap mempertahankan kerjasama yang solid dengan berbagai pihak, baik di tingkat nasional maupun internasional.